[세종=이데일리 박순엽 기자] 정부가 세제개편안 입법예고 과정에서 논란이 된 개인종합자산관리계좌(ISA) 제도의 손질 여부를 검토하고 있다. 연간 납입 한도는 기존처럼 다음 해로 이월할 수 있도록 하고 계약기간 제한도 완화하는 방안이 유력하게 거론된다. 부동산 세제는 공제 방식과 세율 등 큰 틀을 유지하되 비거주 예외 사유를 일부 확대할 가능성이 있다.

17일 관계 당국에 따르면 재정경제부는 오는 20일까지 진행되는 입법예고에서 접수된 의견을 토대로 세제개편안의 쟁점별 수정 필요성을 들여다보고 있다.

(그래픽=이데일리 김정훈 기자)

우선 ISA는 사용하지 않은 연간 납입 한도를 다음 해로 이월할 수 있도록 현행 방식을 유지하고, 계약기간도 사실상 무기한 연장이 가능하게 하는 쪽에 무게가 실린다.

정부는 이번 세제개편안에서 생산적 금융 ISA를 신설하면서 납입 한도 이월을 폐지하고 납입기간을 최대 10년으로 제한했다. 기존 ISA에도 이월 금지와 5년의 기간 제한을 새로 적용하기로 했다.

그러나 소득이 일정하지 않은 자영업자와 프리랜서에게 불리하고 장기투자와 복리 효과를 떨어뜨릴 수 있다는 지적이 잇따랐다. 정부가 이 같은 의견을 받아들이면 납입 한도 이월과 계약기간 관련 보완 사항은 기존 ISA와 생산적 금융 ISA에 모두 적용될 전망이다.

두 상품의 납입 한도와 세제 혜택 차이는 유지된다. 정부안상 총 납입 한도는 기존 ISA가 1억원, 생산적 금융 ISA가 2억원이다. 생산적 금융 ISA의 투자 대상에 해외주식형 상장지수펀드(ETF)를 포함해달라는 요구도 받아들이지 않을 가능성이 크다. 국내 자본시장 활성화라는 제도 도입 취지에 맞지 않는다는 판단에서다.

부동산 세제는 기본공제와 세율, 세 부담 상한 등 정부안의 기본 틀을 유지해 국회에 제출할 것으로 보인다. 여당 일각에서는 종합부동산세 세 부담 상한을 현행 150%로 유지해야 한다는 의견이 나오지만 정부는 이를 200%로 높이는 방안을 고수할 가능성이 크다. 부부 공동명의 1주택자도 특례 신청 여부에 따라 납세자에게 유리한 과세 방식을 선택할 수 있어 불이익이 없다는 게 정부 입장이다.

다만 시행령으로 정할 수 있는 비거주 예외 사유는 입법예고 의견을 반영해 보완할 가능성이 있다. 정부안은 취학·직장 변경·질병·해외 체류·부모 봉양 등 불가피한 사유로 이사한 경우 최장 3년까지 거주기간으로 인정하도록 했다. 손주 돌봄이나 자녀 교육을 위한 지역 이전 등을 예외 사유에 포함할지가 추가 검토 대상이다.

상속·증여세 분야의 ‘주가 누르기’ 방지책도 일부 조정될 전망이다. 정부는 저평가 기업에 대한 과세 대상 범위를 손질하는 한편, 상속세 부담이 상속재산을 넘지 않도록 상한을 두는 방안을 검토하고 있다. 정부안은 장기간 낮은 주가순자산비율(PBR)을 유지하거나 특정 자본거래와 함께 주가가 크게 하락한 기업에 대해 상속·증여세 평가액을 최소 30% 할증하도록 했다.

정부는 입법예고에서 접수된 의견을 반영해 수정안을 마련한 뒤 다음 달 초 국회에 제출할 계획이다. 재정경제부 관계자는 “다양한 목소리를 폭넓게 경청하고 제도 개편 취지를 충실히 살릴 수 있는 합리적인 보완 방안을 검토하겠다”고 말했다.